La parròquia de Sant Vicenç és al poble de Saneja, situat a la ribera dreta del riu d’Aravó, al peu del puig de Saneja. La parròquia de Saneja (Exenegia) és esmentada en l’acta de consagració de Santa Maria de la Seu d’Urgell, document datat el 819, que en realitat sembla que fou redactat a final del segle X. La primera menció certa d’aquest temple parroquial, de l’any 1088, correspon a una escriptura de donació de dues peces de terra a l’abadia de Sant Martí del Canigó, a l’entrada de Ramon com a monjo d’aquest monestir; una de les peces de terra era situada més enllà de l’església de Saneja (qui est trans ipsa ecclesia) i confrontava, d’una banda, amb una terra de Sant Martí del Canigó, i de l’altra, amb una de Sant Miquel de Cuixà.
A l’inici del segle XII, l’any 1105, en una convinença feta entre el bisbe Ot de la Seu d’Urgell i Ramon Ermengol, fill d’Ermengol Ramon d’Illa, s’esmenta que el prelat donà en feu a l’esmentat Ramon Ermengol la dècima de Sallagosa, d’Angostrina i de Cortals i la tercera part de la dècima de Saneja. Posteriorment, la butlla del papa Alexandre III del 1163, atorgada en favor de l’abadia del Canigó, confirmava els predis que aquest monestir posseïa in parrochia Sancti Vicentii Exaneda.
És un petit edifici d’una sola nau, capçat a llevant per un absis semicircular, amb alguns cossos afegits a banda i banda de l’església en època tardana. L’absis és un dels models més senzills del romànic llombard, com ara el de Baltarga o el de Quiexans, que es pot datar a l’inici del segle XI.
El parament dels murs és de pedres de tota mena, sense treballar. Moltes són arrodonides, procedents de torrenteres i rius, col·locades en filades irregulars que deixen entre elles grans espais reomplerts d’argamassa, tot formant amples juntes. Aquestes juntes tenen unes fines incisions que dibuixen rectangles força irregulars, que volen imitar carreus. La volta de l’absis, de perfil semicircular, està feta amb un aparell de pedres més petites que les parets de l’església.
Els murs de la nau no arriben al metre de gruix, la planta és regular i la volta molt apuntada i mal perfilada, motiu pel qual contrasta amb el perfil semicircular de la volta de l’absis, que queda bastant més baixa. Es tracta segurament d’una obra del final del segle XIX, moment en què es van pujar les parets laterals i es remodelà el frontispici ponentí, on s’obrí un ull de bou i una porta, que té la data de 1879 a la clau de l’arc.
A la meitat de la nau s’adossà una petita cambra coberta amb volta de pedra apuntada i una finestreta molt petita, cara a ponent, d’una sola esqueixada per la part interior; la porta d’aquesta cambra, descentrada comunica amb l’interior de l’església, i una de les parets del campanar carrega en part sobre el mur de llevant de la cambra. Podria tractar-se d’una sagristia o d’un magatzem de delmes.
El campanar és de grossos carreus de granit ben treballats per fora i de pedrucall per dintre; el cos inferior s’aixeca parcialment sobre la cambra que ja s’ha esmentat i en part sobre la paret nord de la nau. Aquest cos és llis, únicament té una espitllera a cada cara i és separat del cos superior per una volta de pedra. El segon cos té doble finestra a cada cara, de construcció diferent segons les cares perquè algunes han estat reconstruïdes, i a sota l’ampit hi ha un plafó refós dividit en tres panys. El tercer cos fou refet després del 1939, ja que durant la Guerra Civil Espanyola va ser destruït per una explosió.
Originàriament, s’accedia al campanar per una entrada situada a l’interior de l’església, però quan és construí una capella nova en aquell lloc es paredà, i s’obrí un nou accés des de la cambra veïna. El lloc on hi havia hagut la primitiva porta, al mur sud, ara tapiada, es convertí en baptisteri, i a més es construí en aquest mateix mur una capella i una sagristia, estança que amaga una bona part de l’absis.
Una magnífica Mare de Déu romànica de fusta, que es conservava a l’església de Saneja, desaparegué el 1936; actualment només és coneguda per una fotografia de l’Arxiu Mas. La Mare és asseguda sobre un tron, les quatre columnes del qual s’acaben amb una bola llisa. Vesteix túnica i mantell. De la corona, molt ben conservada, surten els plecs verticals d’un vel, que li cau damunt les espatlles. El mantell forma una sèrie de petits plecs horitzontals als dos braços i cau en plecs verticals, entre els quals es veuen les puntes de les sabates. El Nen Jesús és assegut sobre el genoll esquerre de la Mare, però no és coronat. Vesteix túnica i mantell i a la mà esquerra porta l’esfera del món, mentre que alça la dreta per beneir. Són característics d’aquesta talla els rostres allargats de la Mare i del Fill i el seu marcat hieratisme. La Mare de Déu de Saneja pot datar de la fi del segle XII o del principi del XIII. Aquesta imatge té relació amb una remarcable marededeu d’origen pirinenc conservada a Nova York, a la col·lecció Eric de Kolb, i amb una altra del Museu Marès de Barcelona, que pertany a l’escola de Taüll.