Égils és mencionat en l´acta de consagració de la catedral d´Urgell. L´any 1035 el Comte Guifre de Cerdanya, pel seu testament, llegà al seu fill Arduí la senyoria que tenia “vel habere debeo” a la vila de Guils. No sabem si també fou per donació d´aquest comte que la parròquia de Guils pertangué durant aquest segle al monestir de Sant Martí de Canigó. Al segle XIV el lloc de Guils era de la senyoria de l´abat de Santes Creus. El 1698 pertanyia a la comunitat de beneficiats de Puigcerdà.
El 1380 hi havia 10 focs a Guils i 16 a Saneja; el 1595 n´hi havia 20 i 14 respectivament ,que passaren a 112 i 743 h el 1718 i 235 i 91 h el 1778. La població de Guils augmentà el 1830 (296h), mentre que la de Saneja disminuí un xic (84h) i una relació semblant mostra el cens de 1857 (318h a Guils i 76 a Saneja). En endavant la població del terme, aglutinada, va ser de 370h al 1860, 343 el 1887 i 420 el 1900. El 1910 encara es mantenia una xifra alta : 421 h, però baixà molt fins al 1930 (186h), per tornar a pujar el 1940 (314h) i d´aleshores ençà hi ha hagut una minva progessiva:: 309 h el 1950, 284 el 1960, 240 el 1970 i 239 el 1981.
El municipi de Guils de Cerdanya comprèn, a més del poble de Guils, els de Saneja, Sant Martí d´Aravó i la caseria de Sant Martí de Cerdanya.