Égils és mencionat en l’acta de consagració de la catedral d’Urgell. L’any 1035 el Comte Guifre de Cerdanya, pel seu testament, llegà al seu fill Arduí la senyoria que tenia “vel habere debeo” a la vila de Guils. No sabem si també fou per donació d’aquest comte que la parròquia de Guils pertangué durant aquest segle al monestir de Sant Martí de Canigó. Al segle XIV el lloc de Guils era de la senyoria de l’abat de Santes Creus. El 1698 pertanyia a la comunitat de beneficiats de Puigcerdà.
El 1380 hi havia 10 focs a Guils i 16 a Saneja; el 1595 n’hi havia 20 i 14 respectivament, que passaren a 112 i 743 h el 1718 i 235 i 91 h el 1778. La població de Guils augmentà el 1830 (296 h), mentre que la de Saneja disminuí un xic (84 h) i una relació semblant mostra el cens de 1857 (318 h a Guils i 76 a Saneja). En endavant la població del terme, aglutinada, va ser de 370 h el 1860, 343 el 1887 i 420 el 1900. El 1910 encara es mantenia una xifra alta: 421 h, però baixà molt fins al 1930 (186 h), per tornar a pujar el 1940 (314 h) i d’aleshores ençà hi ha hagut una minva progressiva: 309 h el 1950, 284 el 1960, 240 el 1970 i 239 el 1981.
El municipi de Guils de Cerdanya comprèn, a més del poble de Guils, els de Saneja, Sant Martí d’Aravó i la caseria de Sant Martí de Cerdanya.